通常、ハンディターミナルの収集データファイルは、通信ユニット(パソコンとケーブルでつなぐ通信クレードル)を介してパソコンへファイル送信されるそうです。また、プログラムの中から参照する情報(マスタファイル)を、事前にパソコンからファイル送信しておくことができるそうです。これらの機能は「ファイル転送」と呼ばれ、ファイルをパソコンとの間で受け渡すための基本機能だそうです。転送されるファイルは、メーカー独自が汎用のプロトコルによって転送されますが、ハンディターミナル側には専用のコマンドが用意され、パソコン側にも通信用のDLLなどが準備されていますので、通信プロトコルを熟知することなくファイル転送を実現できるそうです。もうひとつ比較的新しい方式のファイル転送としては、無線LANタイプの機種や、有線LAN対応の通信ユニットを使用してFTPサーバーとのファイル転送を実現する機能があるそうです。大容量のマスタファイルで運用することには問題があるそうです。それはマスタファイルのダウンロード時間の問題だそうです。通信ユニットなどを介した通信では、ハンディターミナルと通信ユニット間がIrDAですので速度に限界があり、大きなファイルになると数分から数十分かかる場合があるそうです。